Ketua mempunyai tugas memimpin pengelolaan ZIS-DSKL secara nasional sesuai ketentuan syariat Islam dan peraturan perundang-undangan.

Wakil Ketua mempunyai tugas membantu ketua dalam memimpin pengelolaan ZIS-DSKL secara nasional sesuai ketentuan syariat Islam dan peraturan perundang-undangan.

Pimpinan Bidang Pengumpulan mempunyai tugas merumuskan kebijakan dan strategi pengumpulan ZIS-DSKL secara nasional.

Pimpinan Bidang Pendistribusian dan Pendayagunaan mempunyai tugas merumuskan kebijakan dan strategi pendistribusian dan pendayagunaan ZIS-DSKL secara nasional.

Pimpinan Bidang Koordinasi Nasional mempunyai tugas merumuskan kebijakan dan strategi pengelolaan koordinasi, harmonisasi, kerja sama dan pelaporan secara nasional.

Pimpinan Bidang Teknologi Informasi mempunyai tugas merumuskan kebijakan dan strategi pengelolaan dan pengembangan inovasi teknologi informasi secara nasional.

Pimpinan Bidang Perencanaan, Kajian dan Pengembangan mempunyai tugas merumuskan kebijakan dan strategi penyusunan rencana strategis dan rencana tahunan BAZNAS RI dan UPZ.

Pimpinan Bidang Sumber Daya Manusia, Keuangan dan Umum mempunyai tugas merumuskan kebijakan dan strategi pengelolaan sumber daya manusia, keuangan dan umum secara nasional.

Pimpinan Ex-Officio merupakan Pimpinan unsur Pemerintah yang berasal dari Kementerian Agama, Kementerian Keuangan dan Kementerian Dalam Negeri.

Sekretariat Utama adalah unsur pembantu pimpinan yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Ketua, Wakil ketua, Pimpinan Bidang Sumber Daya Manusia, Keuangan dan Umum, dan Pimpinan Bidang Koordinasi Nasional sesuai bidangnya, serta secara administratif dibina oleh Menteri Agama melalui Direktur Jenderal Bimbingan Masyarakat Islam Kementerian Agama. Mempunyai tugas menyelenggarakan koordinasi pelaksanaan tugas, pembinaan dan pemberian dukungan administrasi kepada seluruh unit organisasi di BAZNAS.

Deputi I adalah unsur pelaksana yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Pimpinan Bidang Pengumpulan yang mempunyai tugas melaksanakan penyiapan rumusan kebijakan dan strategi, pelaksanaan, evaluasi, pelaporan dan pembinaan pengumpulan ZIS-DSKL secara nasional.

Deputi II adalah unsur pelaksana yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Pimpinan Bidang Pendistribusian dan Pendayagunaan yang mempunyai tugas melaksanakan penyiapan rumusan strategi dan pelaksanaan pendistribusian dan pendayagunaan ZIS-DSKL secara nasional.

Deputi III adalah unsur pelaksana yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Pimpinan Bidang Teknologi dan Informasi dan Pimpinan Bidang Perencanaan, Kajian dan Pengembangan yang mempunyai tugas melaksanakan pengembangan inovasi teknologi informasi, pengelolaan keamanan informasi, pengelolaan data dan layanan digital, pengelolaan perencanaan nasional, kajian dan pengembangan layanan ZIS-DSKL.

Deputi IV adalah unsur pengendali dan pengawas yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Ketua dan Wakil Ketua.

Lembaga Sertifikasi Profesi berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Ketua dan dibina oleh Wakil Ketua dan Pimpinan Bidang Koordinasi Nasional, yang mempunyai tugas menyusun instrument sertifikasi dan menyelenggarakan kegiatan sertifikasi profesi amil zakat.

Pusat Pendidikan dan Pelatihan berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Pimpinan Bidang Koordinasi Nasional, yang mempunyai tugas menyusun instrument dan melaksanakan Pendidikan dan pelatihan kepada amil zakat di BAZNAS, BAZNAS Provinsi, BAZNAS Kabupaten/Kota, LAZ dan UPZ.